明朝于永乐元年（1403年），在敦煌设沙州卫，为嘉峪关西七卫之一。嘉靖三年（1524年），明闭锁嘉峪关，将关西汉民迁徙关内，瓜沙二州为吐鲁番所据，少数民族徙居游牧于此。

　　清康熙五十四年（1715年），清兵收复整个河西，并进军西域。雍正元年（1723年），在敦煌设沙州所，两年后升为沙州卫，与安西卫、柳沟卫并属安西同知。康熙。雍正时代，重视关边开发，调集。迁徙大批军民至瓜沙一带屯垦农田。仅1725年一年内，就先后把甘肃52县的2400余户汉民徙至沙州开垦，又调吐鲁番、罗布泊大批军民于沙州一带。至雍正末年，沙州耕地已扩展到10余万亩，并引党河水分十渠灌溉，形成沙漠绿洲。乾隆二十五年（1760年），清政府将沙州卫升为敦煌县，属安西府，后裁府设州，遂隶属安西直隶州。

　　民国二年（1913年），安西直隶州改为安西县，敦煌县直属甘肃省。民国二十五年（1936年），敦煌县属甘肃省第七行政督察区专员公署。

　　1949年9月28日敦煌和平解放，10月7日成立敦煌县人民政府，隶属酒泉专署。1987年9月28日敦煌改县设市至今。

　　敦煌于1979年被国务院列入全国第一批对外开放的城市，1986年被国家命名为“中国历史文化名城”，1992年经甘肃省委。省政府批准建立“敦煌旅游经济开发区”。