清真寺是穆斯林礼拜的场所，这是众所周知的。礼拜，是伊斯兰教“五功”之一，包括日常的礼拜，每周一次聚礼，每年两次会礼。每日五次拜,可以在任何一清洁处所进行。每星期五（主麻日）的聚礼和每年开斋节、古尔邦节的两次会礼，则一定要在清真寺内举行。每个清真寺，无论其大小，都要有一座礼拜殿，这是清真寺的主要建筑。会礼日若殿内容纳不下，可在清真寺院内外礼拜。

    清真寺是穆斯林沐浴洁身的场所。阿拉伯国家的MASJ——ID，据说并无沐浴室的设置；有的仅在门前设一水池，供礼拜者洗小净（面部及四肢）用，用大净（洗周身）一般不在寺内洗。中国清真寺则不同，一般寺内都有沐浴室，有供洗大净的吊罐（水桶）和洗小净的汤瓶壶。人们礼拜前或平时，都可来此沐浴洁身。

    清真寺是阿訇宣讲教义和宗教常识的讲坛。在主麻日，在斋月里，在开斋节、古尔邦节、圣诞圣忌念日，各寺职訇都要向自己这一坊的“高目”（属民）讲“瓦尔兹”（戒劝），宣传《古兰》、圣训、教义、教律、圣史及有关伊斯兰教的各种说故事。

    清真寺是培养新一代宗教职业者的经堂。从明代起，中国清真寺一般都设有讲经堂，招收一些学员（称作“海里凡”或“满拉”），由开学阿訇向他们教授阿拉伯语、波斯语、古兰经、各种古兰经注、圣训、伊斯兰教教义、教法、教史等到知识，以造就新一代的宗教人材。学员们在寺内吃、寺内住，寺内学，寺内做宗教教功课，整日生活在寺内，清真寺是他们成长的摇篮。

    清真寺是穆斯林儿童及某些幼而失学的成年人接受启蒙教育的学校。解放前，不少清真寺附设义学或义塾，招收一些无力延师的学童或幼而失学的成年人，向他们进行一些启蒙教育。河北保定清真西寺，清光绪五年（1879）《清真寺义塾碑记》记述：“省垣人渊辐凑，生齿繁滋，无力延师者，均赖寺宇建设义塾，启童蒙。“这种义塾、义学当然也教授一些宗教常识，但讲课教师及主要内容均与经学堂有所区别。据辽宁《营口清真寺碑记》中说，该寺义学的教师不是阿訇，而是“儒师”；授课内容是“以忠孝信义为研求，以朴诚辞让为劝勉”；授课目的是通过对儒师思想与伊斯兰教教义“互相讲贯“，“庶足以挽救颓风，扶持正教”。解放前后，北京不少清真寺又陆续办起了新式小学校，如穆真、穆辉、穆安、穆德及礼拜寺小学等，除有“回文”，（阿拉伯语）和“回常”（伊斯兰教常识）两门课外，主要还是学习教育部门颁发的统一课本（语文、算术、地理、历史、自然等）。

    清真寺是为穆斯林群众主办婚丧嫁娶和屠宰食用禽畜的服务场所。在中国内地，不少穆斯林有在清真寺举行婚礼的习俗。在那里，阿訇为新婚夫妇写“尼卡罕”（结婚证书），主持结婚仪式，念经祈福。穆斯林亡故后，清真寺为他们提供“水溜子”以洗尸体，为他们提供“埋体岬”以装殓运送尸体至墓地，阿訇还要为亡人沐浴净身和装殓，主持站“者那孜”（站礼）等殡仪，书写护胸和围坑布上的经文。在清真寺举行完一整套殡仪后，再将亡人送到墓地埋葬。内地穆斯林食用的鸡鸭禽畜，一般都不自己宰杀，而是拿到清真寺内由阿訇去宰；古尔邦穆斯林们集清真寺内由阿訇下刀，在清真寺将刚刚宰杀的牛羊洗剥干净后，割成小块，分给全体教胞。

    清真寺是纪念亡故先贤集会的会场。中国有不少清真寺都有基地相连。有的是寺中有墓，如北京牛街礼拜寺有两座筛海墓，神州市清真寺有奉政大夫福建等处行中书省左右司员外朗忽鲁不花之墓；有的是陵园中建寺，如扬州普哈丁墓即建有清真寺，北京三里洒清真寺也是建为在葬有“纱灯巴巴”、王贷舆“邋遢李”、马福禄、马福祥等人的陵园之中；其他如四川阆中县巴巴寺甘肃临复大拱北、新疆阿图什布格拉汗苏丹麻札、喀什阿帕克和加麻札（香妃墓）、库车额丁麻札等，均如此，在节日或亡人忌日，人们除游坟外，往往还要到寺里，请阿訇上殿，为亡人念经祈祷；或者在游坟前后齐集寺内，举行纪念集会，讲述先贤史迹以启后人。