祁连县位于青海省东北部，海北藏族自治州西北部，东与门源、大通县接壤，南与海晏、刚察县相连，西与天峻县为邻，北及西北与甘肃省酒泉、肃南、民乐、山丹为界。“祁连”是古匈奴语，意为“天山”，是青海北部的天然屏障，古为羌地，是通西域之要道，丝绸之路南线经于此，北出扁都口与甘肃省接壤，古有“青海北大门”之称。县域东西长180公里，南北宽186公里，总面积1.58万平方公里。祁连县是一个多民族聚居地，主要有藏、蒙、回、撒拉、土、汉族，全县4万人，少数民族占76%。

　　祁连县以地处祁连山麓而得名。地处祁连山中部的群山峻岭和山间盆地之中，山地占全县总面积的79.2%。走廊南山横卧于县境西北部，托勒山纵贯县境中部，托勒南山、大通山绵延于县境南部。四条山脉呈北西、东南走向排列，形成“四峡四盆”的地貌骨架。

    走廊南山与托勒山间形成黑河、八宝河断陷盆地，黑河、八宝河流贯其中。县境地势高耸，最高海拔5287米，最低海拔2180米。高山、丘陵、盆地、河谷错综分布，地形复杂，地貌类型多样，适宜农、林、牧业生产。

　　县境处青藏高原东北部，属高原大陆性气候，其主要特点是：日照时间长、太阳辐射强；气温日差较大、年差较小，结冻期长，无绝对无霜期，平均气温在0.7℃，最高气温12.9℃（7月），最低气温-13.7℃(元月份)，平均气温在5℃以上的有5个月（5——9月），在10℃以上的有3个月（6——8月），年蒸发量1500——1800毫米，相对湿度27——53%，主风向东南，平均风速2米/秒。

　　县境内高山冰川遍布，是各水系主要补给来源，祁连山水系共有冰川面积1334.7平方公里，境内河流落差大，水利资源丰富，全县理论蕴藏水能量13.23万千瓦，主要河流有八宝河、黑河、托勒河、大通河、扁都沟河等，境内有天然草场总面积1764.11万亩，占全县土地总面积的80%；可利用草场1500万亩，林业面积231万亩，占全县土地总面积的10.43%；野生动植物丰富，野生动物有20余种4万余只，有著名的野牦牛、野驴、盘羊、羚羊、白唇鹿、雪豹、马熊、黑顶鹤、天鹅、雕等。植物资源已查明的有325种，分属57科、91属，著名的有大黄、雪莲、冬虫夏草、蘑菇、发菜、青海云杉、圆柏、高山柳、沙棘、忍冬等；矿产资源已查明的有铁、铬、铜、锌、金等黑色、有色、稀有、重金属、水金属及可燃性矿产40余种，200余处，主要开发的有石棉、煤、铬、沙金、铜、铅锌等。