理县历史悠久，新石器时代杂谷脑河畔就有人类生息繁衍。《禹贡》为梁州之域，秦属湔氐道，西汉元鼎六年（公元前111年）置汶山郡，始入中央版图。西汉地节三年（公元前67年）设广柔县，属蜀郡。东汉灵帝光和七年（178年）属汉山郁。隋开皇六年（587年）置金川县（治所今通化乡卡子村）。仁寿元年（601年）改为通化县。唐武德八年（625年）置维州和薛城县，后陆续设小封县、维州和定廉县。宋、元设为霸州和保宁县。明永乐五年（1407年）置杂谷安抚司。清乾隆十七年（1752年）改土归流，废杂谷土司，设杂谷厅（治所今薛城）；乾隆二十五年（1760年）升为直隶厅；嘉庆八年(1803年）改为理番直隶厅，辖域辽阔，有“四土、五屯、九枯、十家、三番、六里”之称。

    民国2年（1913年）改为理番县，属川西道。民国24年属四川省第十六行政督察区。民国35年改理番县名为理县。 1950年1月16日成立理县人民政府，属茂县专区。1951年11月县治由薛城迁杂谷脑。1958年7月析县成立含汶川、茂县在内的茂汶羌族自治县，1963年6月分县恢复理县至今。县治杂谷脑镇是藏语“扎西郎”的谐音，意为“吉祥之地”，是川西北交通要塞和商贸集散市场之一。杂谷脑镇跨杂谷脑河两岸，一桥飞架河谷，沟通两岸交通，是国道213线（成阿公路）的枢纽和中心点。距成都202公里；离马尔康190公里。1990年全县行政建置为2镇、IZ乡、82村。4个居委会、203个村民小组。