座落于保护区内皮条河中游、核桃坪腹地的中国保护大熊猫研究中心，是中国与世界自然基金会于1980年11月达成的一项长期科研合作项目，为拯救大熊猫，是国家林业局直属的迄今为止世界上唯一的一个保护大熊猫研究中心。中心科研的主要任务是围绕大熊猫的繁育，增加大熊猫的数量进行应用基础研究，综合开展大熊猫、珍贵经济动植物的行为、生态、饲养、繁殖、育幼、生理生化、内分泌、遗传、疾病防治、人工复壮、种群监测等领域的基础和应用研究。自中国保护大熊猫研究中心建立十多年来，培养了一批具有较强科研实力的科研队伍。其中包括动物生态学、植物生态学、生物学、地理信息系统与全球卫星定位系统应用于动物的生境分析与评价、预防与临床兽医学、饲养学、营养学、繁殖学、生物化学、遗传学、细胞生物学等学科的专业人才。近年，研究中心在在国家林业局、省林业厅的关心和支持下，在管理局的领导下，经过研究中心全体员工的不懈努力，几经种群调整，在科研上攻克了大熊猫繁育过程中“配种难、受孕难、幼仔成活难”的三大难关，至目前，已经发展到拥有61个成员的世界上最大的圈养种群，为大熊猫的人工繁殖与科研工作取得丰硕成果奠定了坚实的基础，也为探索拯救处于濒危状态的大熊猫种群做出了杰出贡献。
     卧龙自然保护区是中国大熊猫的主要分布区之一，也是中国最早最大的自然保护区。区内有植物4000多种。高等植物有217种，814属，1989种，药用植物有870种。被列为国家保护的珍稀濒危植物，本区内有24种。其中一类保护植物有2种，二类保护植物9种，三类保护植物13种。区内高等动物计有450种，其中兽类103种，鸟类281种，两栖类18种，爬行类21种，鱼类11种。区内有昆虫约1700种。被列为国家保护的一类珍稀濒危动物有13种，二类有44种。第三次全国大熊猫调查表明，卧龙自然保护区生活有大熊猫约150只，占全世界大熊猫总数的15%，是名副其实的“熊猫之乡”。
     研究中心开展了以大熊猫为主的区内野生动植物、经济动植物及家畜的研究。着重围绕生态、种群分布、社群行为、饲养、繁殖、生理生化、病理、内分泌、遗传、临床医学、寄生虫病、微量元素、声谱、系谱、人工哺育、人工引种、人工培植、细胞培养、环境因子、大气污染、水文、气象、保护管理、地理信息系统、经济开发、旅游业等方面的基础与应用研究。
     1979－1982年， 对保护区内的皮条河、正河、西河三大水系进行了动植物资源考察；
     1981－1982年，对保护区的地理环境特征与大熊猫的生态关系进行了研究；
     1982－1985年，对保护区内森林土壤的生态系统结构与功能进行了研究；
     1983年，对保护区内的竹类资源、大熊猫可食竹子的开花死亡面积和强度进行了调查研究；
     1985年后，在人与生物圈中国委员会的资助和指导下，相继开展了“卧龙自然保护区脊椎动物区系、森林植物区系的调查、发掘一切可能利用的基因资源的研究”，“大熊猫及珍稀动物的生物生态及其保护和人工繁殖的研究”，“卧龙自然保护区保护管理的研究”等大型项目的综合性研究。
     20多年来， 卧龙自然保护区中国保护大熊猫研究中心广泛开展了与国际合作的科学研究，取得了良好成果。
     1978年，在“五一棚”建立了世界上第一个大熊猫野外生态观测站，开始对境内的脊椎动物区系进行了生态生物学的研究。
     1980年，卧龙加入人与生物圈保护区网和与WWF签定了长期科研合作协议，该“五一棚”作为中外合作进行大熊猫及其可食竹类的生态观察研究基地。以乔治.夏勒博士为代表的首批WWF派遣专家驻抵“五一棚”，与胡锦矗教授为代表的中方专家一起，对野生大熊猫、牛羚、金丝猴等珍稀动物及其伴生动物种群进行了为期4年的生态生物学方面的详尽研究，获得了大量的极为宝贵的第一手资料，为世界大熊猫的研究工作奠定了坚实的基础。
     1982年，WWF派遣动物行为学者德娃.克莱曼博士到卧龙，合作进行圈养大熊猫等珍稀动物的繁殖行为学研究。
     1982年，WWF派遣植物学者朱利安到“五一棚”与秦自生教授为代表的中方专家一起，对大熊猫的主食竹类进行了研究。
     1983－1985年，WWF派遣动物学者肯.詹森到“五一棚”，与中方科技人员一起，对野生大熊猫及其伴生珍稀动物进行了生态生物学、种群数量的调查研究。
     1984－1985年，与世界粮农组织（FAO）合作进行了以发展和保护卧龙自然保护区的“快速行动合作项目”（即称2758Q项目工程），对保护和发展大熊猫等珍稀动物的栖息环境与生存条件，促进自然保护事业，发展本区教育事业，实现我们的“保护、科研、富民”的工作方针起到了良好的作用。
     1984－1986年，WWF派遣植物学者阿兰.泰勒博士到“五一棚”，与中方专家秦自生教授一起，对野生大熊猫的主食竹类及卧龙植被进行了研究。
     1984－1985年，WWF派遣兽医约翰.赖特博士到大熊猫研究中心，与中方科技人员一起，对圈养大熊猫等珍稀动物的疾病救治、生理生化、病理解剖、人工繁殖等方面进行了研究。
     1985－1987年，WWF派遣当.瑞德到“五一棚”，与中方科技人员一起，对野生大熊猫以及区内的动植物资源进行了调查研究。
     1985－1988年，与WWF合作对卧龙进行了第二次大熊猫等珍稀动物的大规模资源调查。
     1985－1988年，WWF派遣安德鲁.劳里和约翰.麦金龙先生到卧龙，作为《保护区管理与计画》的技术顾问，协助制定了《卧龙自然保护区管理计画〈纲要〉》，并作为制定《中国自然保护区管理计画》的蓝本。
     1989－1990年，与湖南医科大学和澳大利亚生物工程研究室伍文郁先生合作，进行了“大熊猫生殖生理及人工繁殖新技术的研究”。由于经费短缺，此大型科研项目仅进行了1.5年的前期工作(发情行为规律与超数排卵研究)后即被中止。
     1991－1993年，WWF派遣兽医苏.盟凯博士到大熊猫研究中心，协助、顾问我们的兽医和研究中心的管理工作。
     1991－1992年联合国自愿人员组织分别派出斯徒亚特.查普曼先生一家人驻卧龙自然保护区管理局，协助保护区的保护和管理工作，起到了良好作用。1993年，联合国自愿人员组织再派盖伦.岩斯壮先生及夫人到卧龙，继续查普曼先生的工作。由于当时保护区部门间的协调原因， 斯壮先生及夫人一月后回加拿大。
     1992－1993年，与纽约动物营养中心的爱伦.德伦费尔博士和圣地亚哥动物学会内分泌学专家南诗.古柏女士合作，分别对大熊猫食物的营养学和应用?免疫技术对大熊猫尿中雌激素水平变化进行了研究。
     1982年，建立了沙湾中心气象站； 1989年， 与四川省水文总站合作，在保护区内各典型地理点建立了10多个水文、气象站，采用全天候微机自动存贮、卫星发射接收技术，对卧龙保护区气象、气候、水文变化进行了长期监测和记载。其结果直接被应用于当地的工、农、牧业生产和科学研究，也应用于四川省的天气、水文预测。对防洪，防风暴等自然灾害的控制起到了良好的作用。
     1980－1993年间，我科研人员单独或与国外人员合作，采用项圈式微型收发报仪跟踪或靠动物足迹、粪便等追踪形式，在选定的路线内对野生大熊猫种群动态进行了长达14年的监测。发现卧龙大熊猫种群保持稳定。其监测结果直接应用于中国大熊猫保护工程项目中和其它的科学研究中。
     1986－1993年间，大熊猫研究中心职员采用闭路电视监视方法，对每个圈养受孕的雌性大熊猫进行了详尽的产前、产后的母仔行为和母兽育幼行为的监测，获得了大量繁殖信息和大熊猫人工育幼的资料。其监测成果直接被应用于国内外大熊猫的人工繁殖和人工育幼，大大提高了双胞胎及幼仔的整体存活率。
     其它，如环境监测，对大熊猫主食竹类的生物存量、人工播种或人工移植后的生长发育状态，珍贵植物种类的发展与兴衰状态，其它动植物资源的增减与开发利用状态等进行了必要的监测。
     从1997年至今，研究中心科研踏上了一个新台阶。现建立有“五一棚”大熊猫野外生态观测站，动植物生态室、气象站、博物馆、生化室、繁殖室、兽医院、动物行为生态室、病理组织室、情报资料室、计算机室和卧龙国际大熊猫俱乐部等。还将建立微生物室、组织细胞室。到目前为止，属于大熊猫研究中心编制的在册职工有50人，科研人员人数31人。( 学历：硕士：2人；研究生2人；本科：11人；大专：5人；中专：11人。职称：教授级高工1人，高工5人，工程师5人，助工12人，技术员8人)。“研究中心”现已初步形成了自己的科研骨干队伍，科研人员平均年龄30岁，他们已熟练地掌握了大熊猫野外监测、抢救和人工繁殖、育幼的全套技术，能够独立地承担大熊猫人工饲养繁殖研究。他们中有的人已成为国际知名的熊猫专家。经过多年探索，采取有效措施，成功地培育出一只具有自然交配能力的雄性大熊猫“希梦”。“希梦”能自然交配，使研究中心大熊猫繁殖场拥有4只能自然交配的种公兽，占全国能自然交配种公兽的70%左右(目前世界上有自然交配能力的大熊猫种公兽仅有6只)。通过“大熊猫精子库”、“大熊猫体外促性腺激素研究”等课题的研究，基本实现了育龄雌性大熊猫均能受孕产仔，大大提高了雌性大熊猫的受孕率，目前高达85－90%，突破了大熊猫人工育幼的难关，提高了人工繁殖大熊猫幼仔的成活率；亚成体大熊猫成活率也高达95%。1991年至2001年，中国保护大熊猫研究中心已成功繁殖了大熊猫33胎53仔，成活40仔，幼仔出生率、存活率均居世界之首。拥有全世界最大、最好的大熊猫圈养繁殖种群，谱写了大熊猫繁育史上的光辉篇章，为大熊猫保护、科研事业做出了突出贡献。
     在WWF资助下，研究中心继续对“五一棚”10平方公里范内的大熊猫及其伴生动物作了种群动态的常年监测及其有关生态生物学研究。“卧龙大熊猫精子库及授精生物学研究”立项并开展初步研究，已取得阶段性成果。开展了“大熊猫子代行为发生及功能”的研究。参加的中国科学院克隆大熊猫研究课题取得了一些突破，我们承担的大熊猫育幼技术已经攻克，也成功的培养出了大熊猫的组织细胞。对小熊猫的饲养繁殖、生态生物学和疾病防治等方面作了进一步研究。与中科院生态环境研究中心合作进行了“卧龙自然保护区地理信息系统”的研制，已完成了主体工作，并向全国生物圈保护区成员单位进行了演示和介绍。我们对卧龙动植物资源及分类作了常年调查并参加了国家林业局组织的第三次大熊猫普查工作。
     我们深知，科研的发展是非常迅速，个人的力量是永远不够的，闭关自守只能导致裹足不前。近年来，我们与兄弟单位展开了一系列科研合作，陕西楼观台的“白雪”在卧龙已成功产下3胎5仔，这些合作是提高大熊猫繁殖率和遗传多样性必不可少的途径。与四川农业大学合作对大熊猫毛发中生殖激素水平进行了研究，完成了阶段性工作。与北京师范大学合作对圈养大熊猫和野生雉类的行为生态作了进一步研究。与山西省农业科学研究院合作，特聘山西省农科院研究员曹家林先生对大熊猫等珍稀动物的声谱作了进一步研究，完成了阶段性工作。与东北林业大学合作，进行了西伯利亚红松引种试验，育种工作已基本完成，幼苗生长良好。与此同时，我们加强了跟国外科研单位的学习与交流。中心与美国国家癌症研究中心合作进行了由毛发鉴定大熊猫亲子关系的研究，发表了相关研究论文。和美国圣地亚哥动物园协会开展多方面的科研合作，开展了大熊猫行为、生理、激素、疾病等方面的研究。与美国加州大学伯克利分校的博士合作，开展了卧龙地区大熊猫与黑熊的生活习性及种群竞争的研究。同美国密执安大学及中国科学院生态研究中心合作开展了“GPS”在卧龙自然保护区的应用研究。近年来，我们与日本神户王子动物园、圣地亚哥动物园和华盛顿动物园开展大熊猫饲养繁殖科研合作，送出数人到日本和美国工作学习，接待国外专家近数十人。同时，中心也对大熊猫借展单位饲养管理工作人员，就饲养管理、行为观察，疾病防治等方面进行了工作培训。1999年开始与CBSG开展了广泛的合作；引入先进设备对卧龙大熊猫进行了全面、深入的体检，为大熊猫的饲养管理和疾病防治提供了依据。同美国密执安大学及中国科学院生态环境研究中心合作开展“GPS（全球卫星定位系统）在卧龙自然保护区的应用研究”，共作样方200多个，并建立了两个GPS定位站，为卧龙今后调查野生动植物种源打下了坚实的基础。与世界野生生物基金会开展了卧龙野生大熊猫种群监测、圈养大熊猫行为学研究等课题。1997年、1999年在卧龙成功主办了“大熊猫放归野外可行性国际研讨会”、“大熊猫保护分析和研究技术研讨会”。
     卧龙大熊猫研究中心还将退出繁殖的老龄大熊猫借展到国内多家动物园，以便让更多的人来了解、关心、支持大熊猫保护事业。1996年9月，大熊猫“白云”、“白石”被借到美国圣地亚哥动物园，进行长期的科研合作，双方多次互派专家到对方工作、学习、交流，在大熊猫饲养管理和营养、繁殖生理、疾病防治、人工育幼、行为等多方面进行了广泛深入的研究。1999年8月，通过双方的共同研究，“白云”产下一仔，取名为“华美”，表明它是中、美成功合作的结晶。1999年3月，大熊猫“佳佳”、“安安”被送到香港海洋公园，在卧龙专家的指导下，对大熊猫的饲养管理、疾病防治等进行了大量的科学研究，使两只年老的大熊猫过着健康、愉快的生活。2000年7月和12月，大熊猫“锦竹”、“爽爽”被借到日本神户市立王子动物园，“添添”和“美香”到美国华盛顿国家动物园进行长期的科研合作。在中方专家的指导下，开展了大熊猫的饲养管理、营养、行为、繁殖、疾病防治等方面的研究。现在外借供科研合作或展出大熊猫共有15只。
     2000年是创造历史奇迹的一年。圈养雌性大熊猫发情配种比历年都多，发情雌性大熊猫有11只，时间跨幅大。从3月下旬到5月中旬，多数科技人员在假期也在对发情大熊猫行为进行观察，通过对大熊猫发情期激素和阴道上皮细胞角化率的监测，使8只雌性大熊猫适时接受了自然交配或人工授精。有3只因发情行为不典型，仅作了人工授精，为秋季大熊猫产仔丰收打下了良好的基础。2000年配种时期，共对3只种公兽进行人工采精9次，充实了“卧龙大熊猫精子库”的数量和种源，保障了今后繁殖工作的顺利进行。2000年大熊猫共计产仔8胎12仔，成活11仔（其中1只出生时已死亡），4个双胞胎，4个单胎，创大熊猫人工繁殖史上一年内产仔胎数和幼仔成活数最多两项世界纪录。怀孕产仔率72.7%，幼仔成活率91.6%，均居全国首位。2001年2月12日抢救从崇州鞍子河保护区送来的老龄野生大熊猫“鞍鞍”，身体现已恢复健康，体重由抢救时的53公斤增加到87公斤。研究中心通过多年的努力奋斗在国内外产生了广泛影响，成为具有世界意义的大熊猫研究中心，并成为四川省乃至国家对外联系的窗口。“梅花香自苦寒来”，回想走过的历程，成绩巨大，道路艰辛。研究中心在年轻、较短的历程中能够取得这样的好成绩，得益于国家对大熊猫保护事业的关心和重视。朱镕基、李瑞环、李岚清、钱其琛、吴邦国、李铁映、田纪云、吴仪等党和国家领导人都曾来研究中心视察工作，且对研究中心的科研工作给予了高度评价。同时也得益于国家林业局、四川省林业厅和卧龙保护区管理局对研究中心的直接领导、支持和帮助。
     但是，我们还存在许多问题。首先由于我们的财政经费缺乏，国外组织近年来资助很少，我们还缺乏很多必要的研究与监测设备，使一些重要的研究课题无法开展。我们希望能得到国内外关心大熊猫以及中国自然保护事业的组织、个人和同仁们的帮助。其次，我们虽然有一支自己的比较理想的科研队伍，但文化水平与年龄结构还不合理，不能适应快速发展的科技时代。一方面我们要引进更多、知识结构较高的专业科研人才，另一方面希望能得到国际上的资助，选派成绩优秀的年青科研人员到国外去深造，这样才能加强我们的科研力量。另外，我们还要加强更广泛的国内国际合作，把研究大熊猫和自然保护、管理工作推向一个更高的层次。要把卧龙自然保护区建设成为世界一流的保护区，让大熊猫等中国特有的珍稀濒危物种的科学研究成果领导世界潮流。
     在党的“三个代表”精神鼓舞下，在林业科学院的带领和指导下，研究中心的全体员工，特别是科研人员凭着对保护、拯救大熊猫忘我的敬业精神，放弃国内外其它优厚待遇和舒适的环境，自愿献身山区扎根开花，在非常艰苦的生活、工作环境条件下，为大熊猫的保护事业奉献毕生精力。研究中心将再接再厉，建立起良好的工作秩序和大熊猫繁殖、饲养管理的科学机制，实施大熊猫人工繁殖个体最终回归野外的研究项目，并拓宽微观方面研究领域。我们将以稳定的科技队伍，培养出一批批新人才，在科学研究水平上更上一层楼，围绕 “把卧龙保护区建设成为世界第一流保护区”而奋斗终身。