公元1911年辛亥革命后，驻藏大臣被撤消，西藏噶厦政府首先接管了达木蒙古和藏北三十九族。中华民国成立后，民国政府先在川西藏族地区及昌都设川边镇守使管辖。英帝国主义在这一时期积极鼓动西藏地方上层的亲英势力进行“西藏独立”活动。1913年在印度召开“西姆拉会议”，英国代表提出将西藏划为“外藏”和“内藏”两部分，“外藏”在英国直接监护下实行所谓的“完全自治”，中国只有名义上的“宗主权”；将青海、甘肃、四川、云南等省的藏族地区划为内藏，不同于其他行省，其地位以后再决定。英帝国主义的这个分裂中国的计划被中国政府拒绝后，他们又于1917年挑唆西藏军队东进，占领昌都，次年又占据康区的甘孜、新龙以西的地区。四川军队举行反攻，双方相持不下。经英国人台克满等调停，最后议定将康区的邓(柯)、德(格)、白(利)、石(渠)和昌都、类乌齐、察雅、三岩(武成)等共十三个县划归西藏暂管。1930年(民国十九年)，在康区“大白事件”后，四川和青海军队反攻到金沙江边，川藏、青藏达成协议，彼此基本上维持清朝所定分界，各自收兵退回原界内。

　　1939年，国民政府建立西康省，辖宁(西昌)、雅八雅安)、康(康定、甘孜、德格、巴塘、理塘等地)二属，其中的“康”属即原川边地区，西境达金沙江岸。川西北的阿坝地区仍属四川省。云南藏族地区自清雍正四年(公元1726年)划归云南后，曾为鹤庆府、丽江府管辖，清末，受川滇边务大臣衙门节制，于德钦设阿墩子弹压委员。民国以来，仍为云南省管辖。

　　对甘肃、青海两省的藏族地区，民国政府曾于1912年设青海办事长官。1913年，设青海蒙番宣使。1915年，改西宁镇总兵官为甘边宁海镇守使。1921年，青海宁海军入据甘南拉卜楞地区。1926年，改甘边宁海镇守使为护军使。1927年，宁海军撤离甘南，设拉卜楞设治局。1929年，青海建省，管辖原西宁办事大臣的辖区及甘肃省的西宁府，省会设在西宁。其中拉卜楞寺地区及卓尼地区，冈藏族首领与青海马家军阀的矛盾而划归甘肃省，成为今天的甘南藏族地区。

　　中华民国一经成立，即宣布实行“五族共和”。《中华民国临时约法》《民国第—部宪法)明确规定，西藏是中华民国领土的一部分。1912年，民国中央政府设立蒙藏事务局(1914年5月改为蒙藏院)，取代清朝的理藩院，主管蒙古及西藏地方事务，并任命了中央驻藏办事长官，例行清朝驻藏大臣职权。南京国民政府成立后，于1929年设立蒙藏委员会，主管藏族、蒙古族等少数民族地区行政事宜。1940年4月，国民政府在拉萨设立蒙藏委员会驻藏办事处，作为中央政府在西藏的常设机构。

　　西藏地方对中央政府的隶属关系具有700多年的历史，而这一历史关系，又有着1300多年汉藏人民友好往来的政治、经济、文化基础。即使到了民国时期，在外敌侵入，内部军阀混战的局势下，西藏地方与中央政府的关系仍然十分密切。1931年，十三世达赖喇嘛派出楚臣丹增到南京组成“西藏驻京办事处”，同年，达赖喇嘛代表6人、班弹大师代表4人参加了在南京召开的国民大会。1933年l2月，十三世达赖喇嘛去世，噶厦政府立即向南京中央作了呈报。同月，南京政府追封十三世达赖喇嘛为“护国弘化普慈圆觉大师”，并派黄慕松专使代表中央政府人藏致祭。1934年1月31日，南京政府复电批准由热振呼图克图总摄藏中事务，并于1935年5月，授予他“辅国普化禅师”名号。1923年，九世班禅到内地，并于1929年在南京设立班禅驻京办事处。1931年，国民政府授予九世班禅“护国宣化广慧大师”名号，1932年又任命九世班禅为“西陲宣化使”。1937年底，九世班掸大师去世，南京中央国民政府追封他为“护国宣化广慧圆觉大师”。1940年国民政府颁布命令，特准灵童拉木登珠免予掣签，继任为十四世达赖喇嘛，还特派蒙藏委员会委员长吴忠信进藏会同热振呼图克图，主持了十四世达赖喇嘛的坐床仪式。