明朝对藏族地区的行政区划基本上沿用元朝的旧制，又作了一定的变动。明太祖朱元璋在开国之际就采取“多封众建，尚用僧徒”的统治政策，“制御”藏区。明洪武二年(公元l369年)，明朝派人进藏诏谕各地首领。洪武三年(公元1370年)，明军攻下河州(即元朝吐蕃等处宣慰司治所)，对藏区官吏震动很大。乌思藏、朵甘思等地原先元朝所委任的官员和宗教首领纷纷入朝“乞授职名”。洪武六年(公元1373年)，故元摄帝 加巴藏卜等藏族首领到南京，明朝对他们授予官职，并设立朵甘卫、乌思藏卫和河州卫，后来朵甘卫和乌思藏卫升为朵甘指挥使司和乌思藏指挥使司。朵甘指挥使司的辖区与元代朵甘思宣慰司相同，乌思藏指挥使司的辖区与元代乌思藏宣慰司相同。洪武七年(公元1374年)，明朝又在河州(今甘肃省临夏市)设立西安行都指挥使司，并统辖朵甘指挥使司和乌思藏指挥使司。明朝在都指挥使司之下设置指挥使司、宣慰司、招讨司、万户府、干户所等机构。对乌思藏西部的阿里地区，明朝设置了“俄力思军民元帅府”加以管理。对于元代的脱思麻宣慰司辖区，明朝因该地区藏、回、蒙古、汉等民族杂居，故设置河州卫、洮州卫、岷州卫等，直接划归陕西行省管理。明朝还将元代的西宁州改为西宁卫，又在西宁卫以西设立安定卫、罕东卫、曲先卫等，由西宁卫遥领，隶属陕西行省，管理青海北部的各土司及藏族、蒙古族部落。

　　明朝对四川西部大渡河以东的藏族地区设立茂州卫、松州卫、威州卫、松潘卫、天全六番招讨司等机构进行管理。朵甘思南部的今德钦、中甸等地，当时在云南丽江纳西族木氏土司的统治之下，所以隶属于云南行省。

　　明朝除了对藏族地区的世俗贵族首领封授官职，委托他们管理藏族部落以外，还封藏传佛教玛噶举派、萨迦派、格鲁派的领袖为大宝法王、大乘法王、大慈法王，封授当时实际统治乌思藏大部分地区的帕竹噶举派的首领为阐化王，封萨迦派、止贡噶举派的首领为辅教王、阐教王，封朵甘思地区馆觉、灵藏地方的首领为护教王、赞善王。这些法王和王得到明朝颁给的印章和封浩，其职位的继承要经过明朝皇帝的批准，并定期派人到京城向明朝皇帝进贡。除此之外，明朝还对许多乌思藏、朵甘思的地方僧俗首领封给大国师、灌顶国师、国师、西天佛子、司徒、都纲、觉义等官爵名号，发给印章封诰，命他们管理各自的地方。

　　明朝中央政府对藏族地区的管理，在一定程度上给藏族社会带来了一个较为稳定的局面，使藏族社会的经济、文化都得到了很大发展。藏族地区与中央政府的关系十分密切，由于明朝廷对藏族僧侣上层人士赐予宫职名号并规定凡国师以上的部族首领都有资格定期遣使至京朝贡，而明朝廷为表示对藏区的关怀，沿袭历代惯例，以优厚于原贡品数倍价值的礼品回赐给朝贡者。藏族首领留恋贡市之利，故朝贡的人数、次数逐年增加，有时一个法王的使者多达数干人。在中央与地方密切政治关系的同时，明朝中央政府特别重视与藏族各地方及部落的经济联系。当时在汉藏交界线或杂处的地方，如秦州(今天水)、洮州(临潭)、河州(临夏)、雅州(雅安)、碉州(天金一带)、黎州(汉源北部)、打箭炉(康定)、岩州(松潘西北)、结塘(中甸)等地，均设立茶市。明朝用大量茶叶与藏族交换马匹。后来，明朝推行金牌信符制度，即对甘、青、川、滇接近汉区的藏族部落发给金牌，规定他们每年交纳一定数量的马匹，以交换明朝政府提供的生活必需品一一茶叶，这就是著名的茶马互市。