在十七世纪时，格鲁派政权首领五世达赖喇嘛没收了觉囊派部分寺庙的财产属民，经籍印版大多封禁，从此卫藏地区觉囊一派几乎绝迹。
　　
　　现存觉囊派的主寺为四川省壤塘县藏哇寺，阿坝、马尔康以及青海省的班玛、久治、甘德等七县，共三十多座。僧人约五千。特别值得一提的是位于西藏日喀则地区拉孜县的觉囊寺被毁后，本世纪八十年代觉囊寺已由喇嘛益喜重建，现已完成“十万佛塔”一座。寺庙正在进一步修建之中。

　　藏哇寺：位于南木达区中壤塘乡，北纬32度东经101度1分。建于十八世纪初，共八个康村，经院六班，禅院四班。印经院一座，经板（木制）一万五千块，铜像六百尊，药泥塑像一百二十尊，经轮四百二十个，银塔四十座，铜塔十座。当代上师是云丹桑波。（喇嘛云丹桑波曾在中国藏语系高级佛学院任教。）

　　却尔基寺：修于公元一四二五年，有仲哇、却尔基两大活佛系统。

　　泽布基寺：亦称“刀具寺”

　　红土寺：修于清光绪十九年（一八九三年）。

　　日索寺：修于光绪十六年（一八九零年）。

　　牙塘寺：修于清光绪二十六年（一九零零年）。

　　曲塘寺：修于清光绪元年（一八五年）。

　　夏炎寺：全称“夏炎扎西赞拉贡巴”，译作“夏炎吉祥历神寺”，多数僧人平时居家参加俗务产，但遇法事活动必须聚寺诵读。

　　拱巴拉卡寺：法名“图登雪珠林”，意为“佛教之讲修州”，始建于清康二十四年（即一六八五年），地点在上壤塘县雪木达村。

　　察卡寺：亦名“察卡扎玛贡”，汉语为“察卡红岩寺”，原址为扎玛，一九五三年改宗觉囊派，一九五八拆毁后重建于扎玛岩前滩。

　　达柯寺：位于上区薄西乡，隶属藏哇寺管辖。

　　康山寺：也称“卓格基康山寺”，也译成“康沙寺”，由第一世却尔基活佛嘉哇桑布（一四一九——一四九三年）建于明成化年间，隶属于却尔基寺管辖。

　　莫干木寺：该寺建寺年代不详，传为一世却尔基活佛嘉哇桑布所建造。

　　让古寺：全称是“让古贡绛曲曲宗”，译成“让古寺菩提法”。该寺原为僧人静修地，本世纪初才修成正规寺院。

　　巴朗寺：亦名“约和热拉则贡巴”，也是一世却尔基活佛所造。

　　颜木底寺：建于清代为却尔基寺之小寺。

　　扎西日岗寺：全称“巴丹扎西曰岗曲诺尔布林”，译作“吉祥扎西曰岗圣法宝。”该寺院以优美唐卡佛像闻名于世，其中三世活佛然拉潘措丹增讲有一外宾曾开价二百五十万美元收购一绿度母像未得。

　　斯拉尔底寺：建于清，隶属于却尔基寺管辖。

　　扎贡寺：亦建于清，隶属于却尔基寺辖。

　　黑尔雅寺：全称“黑尔雅成就”，与阿坝县卓格寺关十分密切。

　　干木鸟寺：在干木鸟村，建寺年代不详。

　　赛寺：全称“赛贡巴图丹乔勒南杰林”，以前所述此处不再提及。

　　孜朗寺：译为“孜朗寺吉祥不变了义大乐”，位于上阿坝甲尔多乡东北离阿坝县二十公里处，建于清代，为卓格寺之子寺。

　　卓格寺：卓格寺亦名加夸尔寺，译义为“了义如意州”由夏尔措·南喀坚赞始建于公元一三九八年，后由卓格·衮噶巴桑于一六七九年建立六支加行禅院，现保存完好，是觉囊派重要的寺庙。现任住持卓格·云登嘉措一九九六年曾在中国藏语系高级佛学院学习。

　　阿华寺：也叫“蔡木达阿华寺”，意思是“阿华如意”，在阿华村初建年代不详，但是卓格活佛衮噶云丹嘉木措（一八一八——一八九五）曾整顿过寺，被算作清代寺院，隶属卓格寺。

　　塔木寺：建于清光绪二年（即一八七六年）原供有千手千眼十一面观菩萨，千尊释迦如来化像，千尊连花大师化及帐面护法等，后被毁。

　　阿什姜贾寺：伴于斑玛县江堂乡解放村。该村原名“阿什姜”。故此于明洪武十五年（一三八二年）属宁玛派，公元一七一五年阿旺丹增桑布重修。

　　尖姆寺：修于近代，全称“贾果昂果曲噶尔”。

　　隆什加寺：法名“牟居德钦林”，译为“不变大乐州”。

　　雅果寺：与雪珠达丹林等小寺已经消亡。

　　恰依隆寺：意思是“觉囊派的帐房寺”。因其以帐篷为房，初无定址，随牧民游在青珍草原，一九八七年是修建土房于恰依隆，故以地为名。

　　噶尔果日寺：位于青珍乡，建于一九八九年，是觉囊派寺院历史上最晚建成的小寺。

　　扎西曲杰寺：中壤塘藏哇下寺所管。

　　觉囊寺：位于西藏日喀则地区拉孜县，后被毁。喇嘛意希于八十年代重建，现已完成“十万佛塔”一座。寺庙正在进一步修建之中。

　　以上为现在所存之觉囊派寺院。历史上，川青藏地界觉囊派寺院大小一百多座，其中不少已经消亡或改宗他派，有一部分毁于“文革”期间。