在没有授予灌顶的条件下，修持密法则是密乘的一大忌。即便是修持者熟知、精通一切密法经典，若没有授予灌顶，则无论如何修持，不可能获殊胜之成就。即使获得一些微小的成就，师弟二人将堕入罪孽之中。这是密乘的一条基本原理。

      当灌顶仪轨举行时，弟子必须在坛城中接受上师的灌顶。坛城，又称曼荼罗、道场、轮园，它是绘有密乘本尊及环绕其卷众聚集场合的一种系统的图案。传说金刚手曾经化身为智慧之坛场向十地菩提萨陀灌顶，传授密乘。这也许就是坛城理论的最初依据。坛城有多种不同的分类，最常见的是绘在布绢（唐卡）上和用彩色细砂画在地上。还有木制或香泥塑成的立体坛城，以及花束坛城（见于密乘典籍，实践中不易多见）等等。

     坛城中本尊在密乘里一个极其重要的概念。在密法修持中，本尊是一个起决定性作用的因素。修持者通过本尊来集中意念，手结本尊印契（指修行时采取本尊特定的手势和坐势），口诵本尊真言（咒语），心观本尊，以心中产生的神奇心力，现观和亲见自己内心所崇拜的本尊，从而否定自我，达到悟空或觉的境界。

密乘里本尊是以佛、菩提萨陀的形貌来出现。诸如文珠、观音、金刚手、度母， 以及一些畏怖神都可以选作本尊，一般上师为弟子选择符合其根相或性格特征的本尊。有一种说法，一尊慈祥的本尊适合于性格稳静的人；一尊形貌畏怖的本尊则适合于急躁不安的人。

     举行正式的灌顶仪轨，其程序可依次分成三部分：地仪式、前行和正行。所谓地仪式指的是灌顶坛城之地举行一系列法事活动。其内容包括四部分：一曰相地。指相度观察坛地的方位、土地、形势、水势、土质等；二曰气地。向可以见到的土地主人和不可见的土地神祗，乞求起坛所占土地；三曰治地。即相度腹行地祗（佛经上指的是匍匐行走之蟒蛇等）之方位、并发掘清除，按照仪规修造坛城基台，以药物、咒语、三昧力（禅定力）及无上清净之力，涤垢净治。四曰护地。以金刚橛降服一切不服劝诫作障邪魔，为从此邪魔不入，修炼护轮，并加持护佑坛城，所谓前行指的是预备程序，这一程序里最重要的宝瓶材料、性质、数目、内容、颈带、瓶口装饰等等。尔后对此生起誓原本尊、引降智尊，灌顶供赞而行念诵。弟子预备的程序则包括整治等起，接受内灌顶；口启祈祷，承受接近；守护律仪，蒙被加持；净治口过，饮掌中水等等。此外为了占卜成就、预兆，为了驱除恶梦，息灭障碍需采取相应的仪轨。正行就是正式灌顶程序。此程序按三个步骤进行：首先在坛城上空悬架线绳，称之为智慧线。线绳的材料、数目、颜色以及与之有关的加持等均须按一定仪规施行。其后安立宝瓶，庄严修饰坛城。最后施行修习、供奉、颂赞本尊的仪式并正式灌顶。正式灌顶时道德上师应入坛城自受灌顶，以便取得向弟子灌顶的资格，同时要为弟子入坛城受灌顶而祈祷。弟子受坛城受灌顶时，按照仪规应额系目巾入坛，分内入外入两步（挂起帷幕，以分其内外），望见坛场为准。以上所述灌顶程序主要是当使用彩色细砂的坛城时而言，如使用唐卡类的坛城，则无需举行地仪式。不同等级的灌顶，就有不同的功能。如舍弃凡人之身姿而修习本尊之行相，为此能涤除身垢，身具金刚之功能者应接受宝瓶灌顶；因受此灌顶进而能修行一切生起次第中所有三种相应修行（密典谓三等待或三种三摩地）法，视一切世俗之物为幻象，为此能涤除言垢，言具金刚之功能者应接受秘密灌顶，在此基础上修习光明、空性。为此能除意垢，意具金刚之功能应接受智慧灌顶。

        在西藏佛教系统中，密乘有不同等级的分类，有分六部的，亦有分七部（密典称作六续、七续）。最盛行而普遍的分类则是四部：事部、行部、瑜珈部和无上瑜珈部。此分类中，事部、行部较为低级。瑜伽部高上级，无上瑜珈部则是最高一级的。这种分类主要基于各部授受不同的灌顶，修习不同的本尊，所获得的成就（密典称修持密乘获殊胜结果为成就）亦不同。