事部，主要讲求沐浴、清洁等身外举止以行密乘之道。所谓沐浴不是一般意义上洗浴，它是事部密乘修行中一个组成部分。密典上分成了三部分：外沐浴洗净五肢，内沐浴净治根本堕罪；秘密沐浴除治有相（密典谓修习本尊身肢形象为有相）寻思。事部本身又可分为六类：如来部、莲花部、金刚部、珍宝部、夜叉部和一般世间部。属于事部的灌顶部只有宝瓶灌顶和冠灌顶两种，其起誓守护誓言和律仪的仪式中要三次重复祈祷下列句子：“敬请一切佛陀、菩提萨陀留心，献上我（之身心），给予我加持，给予护救，给予我大誓言之成就。”

修持事部密乘者所获得成就分上、中、下。上者具备一种更高阶段上乘持密乘的能力叫作持明，还具有预言和精通一切知识的能力；其次者具备隐行，金丹（避谷术，取花草药石之精气，延年益体之术），神行（非轻功，一种出神状态中飞速行走之术）等；下者则具备一些降服他人，聚集财物的能力。

行部，是一种把外部身、言之行为与内心之三昧（定、禅定）相平衡视为主要修持方法的密乘称作行部。行部内部又有身部、言部和意部三种区别，其可以授予的灌顶有五种，除事部中的瓶水灌顶、冠灌顶外，另有金刚杵、铃和名号等三种灌顶。行部密乘的修持者的誓言和律仪的仪式分三个程序。预备时所起誓言如同事部中所述誓言；入坛场时所起誓言包括诸如生起如同菩萨仪轨之胜义（佛法），赐授密咒的加持，修念空性等等；正式灌顶时以跟随上师的决心，起不舍弃正法（佛法），誓守自宗戒律等。

修持行部获得的成就远优于事部，密典上分其成两部分：共通成就和不共（即特殊）成就。共通成就有八种，除事部中所述的隐行、神行、金丹三种外，还有妙丹、眼药、土行、宝剑和空行。妙行是一种炼成的药丸，含在口中，就能隐身或随意变化身形之术。眼药是指一种能看见远、近、大、小之物体的特殊眼力。土行是一种感知并取出地下之宝藏，随意施予他人的法力。宝剑之术任何人只要手持炼成之宝剑，即可具备登天或空行之本领。空行顾名思义，在空中飞行之术。不共成就即特殊成就。一般指的是五神通：神境通、天眼通、天耳通、缩命通和他心通。这里所谓缩命通，是一种能知自己和他人的前生的智慧。

瑜珈部，以修习内心方便瑜珈为主，或者修习能在道能证悟精深的胜义谛和广泛的世俗谛二者和合相应，无区别的三昧为主的修行属于瑜珈部的内容。瑜伽部又分为五种：佛部、金刚部、珍宝部、莲花部和业（羯磨）部。瑜珈部可授予灌顶有六种：瓶水、冠水、铃、金刚杵、名号和上师灌顶。上师灌顶又有六种分法：不退、秘密、随赐、授记、安慰和赞颂等灌顶。此处所述秘密灌顶是不同于无上瑜珈部中同名灌顶。瑜珈部誓言有十四种。皈依佛、法、僧三宝为佛部之三誓言；金刚杵印、铃印和上师为金刚部三誓言；布施法、财产、无畏和慈悲为珍宝部四誓言；外修持事部、行部，内修持瑜伽部，并修习三乘诸法为莲花部三誓言；勤修供养为业部誓言。修持瑜伽部所获得的成就包括一些共通（即一般、普遍）成就。其殊胜成就则在一些特殊的禅定上，如可以证悟本尊与自我处于无二之境界，以不持任何物的心识证语本尊、自我、咒语均如同虚空。殊胜成就能断离一切障碍，其最终功德观大日如来的受用板身。这种成就在密乘修持中已达到很高水平。

无上瑜珈部，把方便与智慧证得无二（即无别）合为一体，一切密乘中至高无上，没有比这一级更高更上一级的密乘，所以称作无上瑜珈。在无上瑜珈中，宝瓶、秘密、智慧和句义四个基本灌顶均可授受。密典上又把无上瑜珈分为两部分：父续和母续。父续是关于修持方便生起次第为主的密乘；母续是关于修持坛场中女神（本尊）和其眷众以及咒语、仪轨为主的密乘。母续中的修持法深于父续。如果说事部中外部的仪轨，诸如沐浴、诵经等较重要于内心的静修，如果说行部中外部身、言的行为与内心的三昧（静修、定）相平衡，那么在瑜珈部中主要是内心的静修。尤其是在无上瑜珈中内心的修持使修持者获得乐与空不二，舍弃对任何事物的执著和自我存在的信仰，进而摆脱生死轮回，得到解脱的最高智慧。瑜珈修持中还有一些具体的修持法，如幻身瑜珈、中阴瑜珈、梦境瑜珈、迁识夺舍（即转移心识）瑜珈等。