通过以上几项措施，基本上肯定了灵童出生的大致方向、时间、家庭情况。以后就是具体的寻访确认过程，该程序是复杂而严格的。

     观察灵童的体相，举止言谈等 通过观察找出与前世活佛有联系的线索或与众不同的特性。七世达赖喇嘛出身在理塘，据说他出生三个月就开始向人做摩顶姿势，并开始说话。问他是谁，回答说“我是佛的化身”，问他去哪儿，他回答说去寺院，问他寺院在何处，回答说：“在西方（指拉萨）”。又如十一世达赖，幼年时说“准备行装到我的寺院去”，又向众人说“我见观音菩萨像，就是我的化身。”藏族人认为，活佛是菩萨的化身，其行为、言谈与普通人不同，往往表现出一种超凡脱俗的才能和特征。这些才能和特征从幼儿时期就有所表现，因此把它作为认定活佛转世灵童的重要参考依据，也是寻访工作中的重要环节。

      灵童出生时所出现的各种奇异的征兆和梦 藏传佛教认为，一位高僧活佛出生时，必然有一些异常的自然现象显现。因此，在寻访过程中，寻访者要向被寻访者的家属和周围的人们询问灵童出生前后所出现的各种预兆。十三世达赖出生时，据说一个酥油包突然胀裂，酥油四溢，这象征吉祥，在门前的几株梨树中的一棵大树开满了鲜花，他家的房顶上，彩虹像支起的帐篷。甘南活佛噶桑土丹旺曲于1836年出生在四川德格，他出生前父母的梦境中出现过一些吉兆，当他出生时，大地动摇，房顶上出现瑞气彩虹，房子附近开出了前所未有的各种鲜花。

      让灵童辩认前世所用之遗物 藏传佛教认为灵童不仅是前世活佛精神的延续，还继承了前世之灵性，因此，他出生后能记忆前世的一切，也可辩认前世用过的物品。在寻访的过程中，寻访者往往带一些前世活佛的遗物和仿造品同时摆在被寻访者的面前，让他辩认，如果辩认准确无误，即被认定为转世灵童。寻访六世班禅灵童时，共有四个"灵童"候选，扎什伦布寺派出六世班禅的近侍苏本堪布前往四个灵童的家庭进行明察暗访，并拿出六世班禅曾经用过的茶杯、铃、杵、念珠等，让灵童自己逃选，结果只有日喀则白朗县吉雄奚卡的灵童拿的东西全是六世班禅的。于是苏本堪布肯定这个小孩是六世班禅的转世灵童。

     降神、问卜、观湖等手段认定活佛的方法，在过去一定时期内显示出了良好的效果，然而后来渐渐暴露出它的弱点。有时会出现这样的情况，即同时觅得条件相似的几名婴儿，这时就要通过抽签、抓面丸来确定。达赖、班禅等大活佛去世后，一些贵族中收买降神者，降神者受嘱妄加指定其转世灵童。在六世班禅时期，身居高位的清高宗亲眼看到六世班禅、仲巴呼图克图、夏玛尔巴都出自一家，而且都是由降神决定的，他知道其中必有连通作弊之事，且这种某个家族长期把持西藏政权的现象，对清政府来说，也是一个不利的因素。因此，清政府认为，以降神认定活佛灵童的方法似乎已到了非改不可的时候了。从理论上讲，活佛转世是一种宗教制度，其仪轨、程序、内容都与佛教有着密切的关系。但实际上，它是西藏政教合一的必然产物，在它产生的初期阶段就与政治发生了一定的关系，到了后来，这种关系就显得越来越紧密，活佛转世须由政府认可，一般它是用金瓶掣签的方式实现的。

      为减少在寻访灵童过程中的流弊，避免在灵童寻访问题上受少数人所左右，造成僵局和纠纷，清乾隆年间，清朝廷曾三次下诏谕，在不改变活佛转世制度的前提下，由驻藏大臣监督，三大寺主要活佛主持，高僧及地方官员参加共同金瓶掣签，保持公道，防止舞弊。并特赐一金瓶用以对达赖、班禅以及西藏、青海、西康等地的活佛转世灵童的确认，此瓶保存在拉萨。《金瓶掣签》制度明确规定：凡寻找达赖、班禅转世灵童时，必须邀集四大护法王、各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼佛像前举行金瓶掣签认定仪式。仪式中，将所寻访到的数名灵童的名字、出生年月用满、汉、藏三种文字写于象牙作的签牌上，呈给达赖（或班禅）、摄政、佛师、驻藏大臣等过目。然后由秘书用纸将牙签包好，投入金瓶内，由活佛达赖（或班禅）同全体喇嘛一同诵《金瓶经》。念经完毕，由驻藏大臣起立向东磕头，然后打开金著，在瓶内搅三匝，用金箸箝出纸包，打开来看，牙签上的名字就可确定为转世灵童。假如寻访到的灵童仅此一名，也须将这一儿童名字写在签牌上，和另一没有名字的签牌共同放入瓶内。假若抽出没有名字的签牌，就不能认定已寻到的儿童是大活佛的转生，而要另外寻找。灵童一但择定，其父亲按惯例封为公爵，划分财产、庄园、牛羊。灵童便迎入寺院抚养、训练。从此灵童就在全封闭的佛教氛围中成长起来，不受凡尘污染。被迎进寺院的灵童，要由高僧为其剪发、换僧衣，并给灵童授戒取法名。授戒取法名后，寺院还要为灵童剃度取名举行盛大庆典。待选定良辰吉日，便举行坐床仪式。活佛坐床后，按过去旧例，正式启用前辈活佛的大印，并开始学习佛学显、密经典。此后，小活佛便在严格的佛教戒律下，习经修炼，直到学业合格圆满，到一定年龄即可正式主持教务。