西藏历史上第一个经金瓶掣签认定的是第十世达赖喇嘛。据《十世达赖喇嘛传》记载：最初选了五个灵童，工布、仁蚌、嘉德嘎如各一名，昌都地区两名，经筛选，最后选出三人做为金瓶掣签的候选人，即昌都地区两人，理塘地区一人，经奏禀，批准可以掣签。将大昭寺金瓶迎到布达拉宫。驻藏大臣文干及灵海和汉藏官员以及诺门汗、三大寺及上下密院等僧俗官员都临场，三位灵童及其父母也到场。掣签开始前，先由满文秘书用满文将三个灵童的名字写在三支签面上，接着藏文秘书用藏文将三名灵童的名字写在签上的另一面，待写好之后，驻藏大臣灵海向金瓶行礼三次，然后驻藏大臣文干又向金瓶顶礼三次，将金瓶内的三支签适当摇动，在毫无疑义的情况下，将一支签从瓶中取出，高高举起，观看签文，大声呼道“理塘”，接着把此签送给班禅、诺门汗、灵海大臣以及僧俗众人等观看，对未抽出的签也随后拿出，同样对众宣读以除疑义。随后将所中之签插在金瓶上的盛满作供奉用的青稞钵内，并当场面告理塘灵童父亲洛桑年扎，说所掣之签是其子强白坚赞，令其父向皇帝顶礼，又向驻藏大臣、班禅、及诺门汗敬献哈达。掣签之后，驻藏大臣呈报皇帝，请求批准，并请予坐床，皇帝逐一诏准。

     金瓶掣签制施行之初，经过“先行试掣”而后积累经验推而广之。然而，在特殊情况下，达赖、班禅等大活佛的转世灵童，由政府直接册封，不经过金瓶掣签。1804年8月18日，八世达赖喇嘛在布达拉宫圆寂，当时，金瓶制度已经确立，而他的转世灵童将首次用金瓶掣签来决定，但是，七世班禅、摄政济隆呼图克图、三大寺代表、全体噶伦等领衔、清驻藏大臣玉宁写了一道奏折转呈嘉庆皇帝，内容是邓柯灵童，确系第八世达赖喇嘛的转世，请求免予“金瓶掣签”。驻藏大臣也向嘉庆帝奏称，经过种种核验，实系第八世达赖喇嘛复出无疑，请求“免其入瓶掣定”，嘉庆破例批准了这一请求。为了使先帝所立的这种规章不致半途而废，嘉庆随后又下一道谕旨，说“此系仅见之事，且征验确凿，往后自应仍照旧章，不得授以为例。”但实事上，后来仍然不时出现过免予掣签的情况。如，第十三世达赖喇嘛，经寻访，噶厦认为朗敦灵童已经肯定为达赖的灵童，因为其它地区未发现有同样的灵童。乃由八世班禅、摄政通善呼图克图、三大寺和扎什伦布的全体僧俗官员联名向当时驻藏大臣松桂上了公禀，要求驻藏大臣转奏清朝皇帝，由于灵童只有一名，且经各方公认，请免予金瓶掣签。1877年3月，光绪帝在奏折后面批示：“贡噶仁钦之子罗布藏塔布开甲木措，即作为达赖喇嘛呼毕勒罕，毋庸掣瓶。钦此”。

     金瓶掣签制度，完善了藏传佛教活佛转世制度。金瓶掣签后，驻藏大臣、寻访灵童负责人要将掣签所得灵童的情况报告中央政府，经中央政府批准后，才能举行坐床典礼。为此，清朝特制两个掣签金瓶，一个用于达赖、班禅转世灵童的认定，现存放于拉萨布达拉宫；另一个用于确认蒙藏大活佛、呼图克图的转世灵童，现存放于北京雍和宫。