第三种治疗是药物，治疗理论数以百卷，内容丰富，有些植物生长在的雪域高原，植物、生物、矿物的药味及药效（服药后生起的效益）等药物学的理论和实践论述不可胜数。现今延用比较广泛和内容丰富的一些药学典籍，如上述《密诀本》上所载２８２６种配方和已在一千年以前阐述的各种疾病，同时有其独特的配方。

　　像这样的医典到目前为止十分罕见，从那时候已经出现了数以万计的不同配方，说明了藏医的治疗及配制药物水平很高。生药学方面的《论述本》的“药物功效”中深入细致地认识和解释了九百十一种的药物。公元十八世纪智慧无比的著名药物学家弟玛嘎西丹增平措编著《晶珠本草》，该本草九百一十五种的药物基础上细解地分为２２９４种药物，详述了植物、矿物、动物等药物的味、功、性、词藻之名，并附标本图解。

　　同时，为了搞清与过去药学家的不同看法和同一认药，他亲自赴许多地方，进行询问设想，并进行认真细致的研究，从而作出可靠的本草，至今还处于尖端地位。此为丰富祖国药学宝库作出了巨大贡献。另外除《密诀本》中的配药以外，在《后序本》还记述有不同的实践方法，配药不一的有平息药和清泻药两类。平息药主要有汤剂、散剂、丸剂、膏剂、药酒，草药配方，贵重药剂等配方。清泻药有下泻前的油疗方剂，吐泻药剂、鼻药、温和导剂、猛烈导剂、脉泻药剂等配方。

　　这些配方都是消除疾病的武器，正如《四部医典》中所给予的高度赞赏。后来著名的藏医学家第司桑杰加措编著的《医学补遗》中不胜枚举的配方，对十八种瘟疫等危及生命的恶病治疗的密方完全承认。后来著名藏医学家钦饶罗布在临床及配制药物的主要书籍《四部医典》、《藏医千万舍利》、《医学补遗》、《经验百集》、《贡追扎记》等许多医典不断地引用，该大师为了发展藏医事业作了很多贡献。其中药王山利众医学院的详述其经验及实践的《生药标本如意宝瓶》、《草药标本·龙婆之宝》，在此之前药王山利众医学院常用的五十多种配方的基础上补充及编著的《配方甘露宝瓶》，书中有一百二十七种配方。至今在西藏自治区藏医院制药厂根据《甘露宝瓶》指导生产丸剂及散剂等，研制了共三百五十多种配方。（未完待续）